Fue Secretario Nacional de Acción Juvenil, Secretario de Estudios y Secretario General del Partido Acción Nacional. Entre 1996 y 1999 fue Presidente del Comité Ejecutivo Nacional, órgano ejecutivo del PAN. Durante su gestión, su partido ganó las gubernaturas de Nuevo León, Querétaro Arteaga y Aguascalientes, así como 14 capitales de estado, entre ellas Monterrey. A pesar de los triunfos electorales mencionados, su presidencia en el PAN fue agridulce, debido a que en las elecciones federales de 1997 disminuyó la presencia del partido en la Cámara de Diputados Federal, al pasar a ser la tercera fuerza en este órgano legislativo, por debajo del Partido Revolucionario Institucional y del Partido de la Revolución Democrática.
Fue representante por mayoría en la Asamblea del Distrito Federal y diputado federal por representación proporcional (diputado de partido o plurinominal) en dos ocasiones.
En 1987 Felipe Calderón fue Secretario de Estudios del Comité Ejecutivo Nacional (CEN) del PAN que presidía Luis H. Álvarez.
