Las ambiciones presidenciales de Porfirio Díaz no eran desconocidas para Juárez, puesto que el presidente notó ciertos detalles en Díaz, como perdonar la vida a una docena de soldados franceses que iban a ser fusilados, así como permitir la salida del país de varios clérigos, miembros del Partido Conservador. El día que Juárez regresó a la Ciudad de México, Díaz y varios de sus hombres le estaban esperando a la entrada de la ciudad, Juárez se hizo ver en su carruaje acompañado de su escolta, mientras que Díaz esperaba subir al carro presidencial, Juárez, sin embargo, siguió su paso ignorando al militar oaxaqueño. Sebastián Lerdo de Tejada, tras observar el incidente, acudió a Díaz y le ofreció subir a su carroza. Porfirio aceptó.
Una vez culminada la guerra de intervención francesa, Juárez, que se había amparado en el artículo 128 de la Constitución de 1857 para permanecer indefinidamente en el poder, convocó a elecciones presidenciales, que se efectuaron el domingo 25 de agosto de 1867. Los resultados finales fueron:
* Benito Juárez: 2.344 votos
* Porfirio Díaz: 785 votos.
Por lo tanto, el Congreso, a través del presidente de dicho órgano, Manuel Romero Rubio, declaró a Benito Juárez como ganador de las elecciones presidenciales y mandatario constitucional para el período comprendido entre el 1 de diciembre de 1867 y el 30 de noviembre de 1871. El bando oficial fue publicado en las calles de la Ciudad de México, el 23 de septiembre.
Porfirio Díaz se sintió derrotado y abatido por el triunfo de Juárez en las elecciones. Decidió retirarse a La Noria, donde el 2 de febrero de 1868 le fue anunciado el cese del Ejército de Oriente, que en julio del año anterior fue reducido a sólo 4.000 soldados. Al mismo tiempo, Juárez, por conducto de Matías Romero, Ministro de Gobernación, le ofreció encabezar la legación mexicana en Washington D.C., Estados Unidos de América. Díaz, sin embargo, rechazó la propuesta.
Durante 1869 y 1870, Díaz vivió en La Noria, al lado de su esposa Delfina. Fue en esta época cuando se procrearon los hijos que morirían en la infancia. Delfina pensó que se trataba de un asunto de índole religiosa, ya que ellos se habían casado siendo parientes carnales y no se obtuvo la dispensa necesaria sino hasta 1880. En La Noria, Díaz desarrolló la fundición de cañones, pólvora y municiones, además de la agricultura. Mientras tanto, su hermano Felipe Díaz fue electo gobernador de Oaxaca. En su período al frente del gobierno estatal, tuvo un enfrentamiento por el impuesto a la madera, con los habitantes de Juchitán. El 17 de febrero de 1870, el gobernador y un regimiento de más de quinientos soldados, entró en la ciudad y mató a varias personas, entre ellos mujeres y niños, todo esto a fin de sofocar el levantamiento que se había producido. Antes de salir, entró con sus soldados a saquear la iglesia del pueblo. Hizo bajar la estatua del santo patrono de Juchitán, San Vicente Ferrer, y la arrastró por todo el pueblo, en un acto considerado de su parte como jacobino. Meses más tarde devolvió la imagen en una caja de madera hecho pedazos. Los juchitecos le capturaron en marzo de 1872, lo castraron y lo ejecutaron en venganza por el incidente de Juchitán.
